当前我国北方经济实用的菠菜冻藏方法仍是民间传统的简易贮藏法。简易贮藏一般有两种方式：
一种是无通风道的，另一种是有通风道的。
(1)无通风道的菠菜冻藏法
在房屋或阴障北面的遮阴范围内，与遮阴物平行挖数条沟，沟宽25～30厘米，深度与菠菜的高度相同或稍浅，沟与沟之间的距离为20厘米左右。将经过预贮藏的菠菜捆，根向下直立摆放在沟内，将干土撒在菜捆上，土的厚度以刚把菠菜盖住为宜。以后随温度的下降，分次覆土，覆土要做到平实无缝，起到防风保湿作用。
每次覆土不可过厚，以便迅速降温结冻。覆土的最终厚度根据不同地区冬季的低温程度决定，原则是菜捆中的温度尽可能保持在-4～-6℃，使菠菜呈微冻状态。
如果覆土薄，菜捆内温度过低，解冻后不易恢复新鲜状态；覆土过厚，菠菜又不易较长时间保持微冻状态，使贮藏期缩短。
(2)有通风道的菠菜冻藏法
在房屋或阴障北面的遮阴范围内，与遮阴物平行，挖宽1～2米的冻藏沟，冻藏沟的深度与菠菜的高度相同或略低。在沟底与沟的走向平行，再挖数条宽25厘米、深30厘米的通风道，各通风道间的距离约为25厘米，通风道的两端露出地面。
在通风道上横铺秫秸或苇秆。将经过预冷贮藏的菠菜捆，根向下直立于秫秸或苇秆上，菜捆之间要有适当的空隙，以利空气流通，防止菜叶发黄腐烂。
整个冻藏沟摆满后，薄薄盖一层土，以挡风保湿。以后覆土的要求和方法与上述无通风道的冻藏法相同。
在贮藏初期，通风道口应日夜敞开，使菜捆内温度降低。如果天气转暖，白天将通风道口堵住，防止热空气进入；夜间将通风道口打开，使冷空气进入。待严寒来临时，通风道口要完全堵住，以防冻藏沟内温度过低。东北一些地区还需要在覆土上加盖秫秸或草，防止温度过低。
无论采用哪种贮藏方式，共同的要求是，菜捆摆放到冻藏沟以后，必须使其渐渐冻结，冻结以后不再融化。如果在沟内一冻一化，菠菜就极易腐烂。
经过冻藏的菠菜，上市前必须解冻，使其恢复新鲜状态。解冻的方法是，挖开覆土，从菜捆基部小心取出菠菜，放在温度为0～1℃的环境中慢慢解冻。在缓慢解冻过程中，菠菜植株组织细胞间隙中的冰晶逐渐融化，被细胞吸收，使细胞恢复原来状态，因而植株可保持原来的新鲜状态。
经3～4天，菠菜完全解冻后，将黄叶、烂叶摘掉，用冷水冲洗后及时投放市场。切忌用高温急速解冻，否则，细胞间隙中的冰晶融化太快，细胞来不及吸收而外流，菠菜叶片萎蔫，好像用沸水烫过一样，不能恢复鲜嫩状态，容易腐烂，
上述简易冻藏法虽然设备简单，成本低，但贮藏效果受气候条件的影响，遇到冬季异常温暖时常遭受损失，而且出售前需要从土中挖出菜捆，经解冻后才能上市，比较费时费力。有冷藏库的地方，最好采用冷库贮藏。
冷库贮藏的优点是温度可按要求自动控制，而且温度稳定，贮藏期长，产品质量高，损耗少，入库出库及管理都比较方便，可随时根据市场需求，调节产品吞吐量。
冷库贮藏的方法是
：将收获的菠菜经过挑选、整修后，捆成重0.5千克左右的小捆，送入冷库中预冷后，装入聚乙烯塑料大袋中。每袋约装20捆菜，松扎袋口，摆在冷库的菜架上，也可以在菜架上套上塑料帐。库内温度保持在0～1℃，空气相对湿度在95%以上。放在塑料帐内贮藏的效果比较好，贮藏90天，色、形、香、味基本无变化，商品率达99%以上。
