蒜薹贮存方式有冷藏及气调贮藏保鲜。可根据当地气候、资源及财力状况，选用适宜的贮藏方式。
一、一般冷藏
冷藏是指利用人工降低贮藏环境的温度或利用自然低温条件，抑制蒜薹的呼吸作用，减少水分损失，防止病虫繁殖蔓延，以延长贮藏保鲜期。应用较多的是冷藏库冷藏。
冷藏库冷藏是指在冷藏库中利用机械制冷系统控制所需温度在适宜的范围内，对保持鲜嫩度、阻止病腐等都有很好的效果。特别是在炎热的夏季及我国的南方地区，可提供理想的贮藏保鲜蒜薹环境。
冷藏库中的温度应保持在0.3℃±0.3℃，空气相对湿度保持在90%以上。为了使冷藏库的温度、湿度达到理想的贮藏保鲜条件，冷藏管理非常重要。
二、气调冷藏
收获后的蒜薹仍然是有生命的活体，继续进行呼吸，体内积累的养分通过呼吸作用被消耗掉。所以，采收后如果呼吸作用强，养分消耗快而多，就会使蒜薹的品质迅速变坏，乃至腐烂。呼吸作用的强弱除了与温度的高低有关外，还与贮藏环境中气体成分特别是氧气和二氧化碳浓度的影响有关。
氧气是植物进行正常呼吸作用所必需的气体，空气中氧气含量高，会促进呼吸作用，二氧化碳却相反，故适当提高空气中二氧化碳含量，降低氧气含量，对呼吸作用有抑制作用。气调冷藏法就是利用这个原理，在适宜的低温条件下，减少贮藏环境空气中的氧气含量和提高二氧化碳含量，以达到延长蒜薹贮藏保鲜的目的。
1、气调冷藏的方法
塑料薄膜袋自然降氧冷藏、塑料薄膜硅窗袋气调冷藏和塑料薄膜帐气调冷藏三种方法，蒜薹的贮藏温度为0～0.5℃，相对湿度为85%～95%，氧气浓度为2%～5%，二氧化碳浓度为0～8%。在贮藏过程中只要氧气和二氧化碳两项指标中有一项达极限标准时，就要立即开袋换气，每次换气时间为2～3小时。
袋内或帐内的氧气和二氧化碳浓度应每天或隔天进行测定（只测定代表袋），当二氧化碳浓度要超过上限时，可用消石灰吸收。消石灰可用生石灰加水制作，要待粉化的消石灰散热冷却后方可使用，消石灰应该在密封条件下贮存，否则会因吸收空气中的二氧化碳而失效。
塑料薄膜袋自然降氧冷藏：待薹温为0℃时，将蒜薹薹梢向外，码放在0.06～0.08毫米厚、100～110厘米长、70～80厘米宽的聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋内，每袋装蒜薹18～20千克，扎紧袋口，置于架上或包装容器内。当袋内的氧气降低到1%～2%，二氧化碳约在12%时，开袋通气，使袋内氧气上升到18%以上，二氧化碳降至1%～2%，然后重新封袋。在0℃冷库中小包装贮藏的蒜薹，放风周期为10～15天。贮藏中后期放风周期逐渐缩短到7～10天。
塑料薄膜硅窗袋气调冷藏：将薹温为0℃的蒜薹，薹梢向外装在厚、长、宽均与上述塑料薄膜袋相同，但嵌有面积为9厘米×13厘米硅橡胶窗的硅窗袋中，置于菜架或包装容器中。硅窗袋对氧气和二氧代碳具有一定的通透性，基本上能满足蒜薹对气体成分的要求，贮藏过程中不需要进行开袋通风换气的操作。
2、塑料薄膜帐气调冷藏
用聚乙烯或聚氯乙烯薄膜帐进行气调贮藏时，先要在冷库地面上铺0.23毫米厚的薄膜，长、宽与垛或货架的长、宽相吻合，以便密封大帐。将加工、预冷后的蒜薹装入塑料箱内，每箱20千克，在上面码成垛，用0．23毫米厚的薄膜做成长方形大帐，罩在箱垛的外面，扣帐时每个垛顶放3个空箱，或将帐顶做成脊行，防止凝结水下滴。
塑料帐扣好后，将其边沿与铺在地面的塑料薄膜一起卷起来，用砖块或其他物品压紧，造成密封环境。塑料帐的两侧要留充气和抽气袖口及取气嘴。封帐后，可用分子筛制氮机调节气体成分，向袋内输入氮气，快速降氧，使帐内氧气含量迅速降低到蒜薹所适宜的范围，也可通过自然降氧。利用蒜薹的呼吸作用降低帐内氧气含量。
帐内加适量消石灰，将多余的二氧化碳吸收掉。帐内氧气过低时可通入新鲜空气。塑料袋或塑料帐内温度较高，容易引起微生物的繁殖，可加入0．5毫升／升仲丁胺，防止白霉或黑霉生长。
